A Autoridade Aduaneira foi criada pelo Decreto-Lei N.º 9/2017, de 29 de março. Veio substituir a Direção Nacional das Alfândegas como o serviço responsável pela continuação dos deveres do Ministério das Finanças relativamente ao controlo do território aduaneiro nacional e à administração e cobrança de impostos e direitos aduaneiros.