Assim que as Alfândegas tiverem terminado de processar as suas mercadorias, o leitor ou o seu despachante receberão um Aviso de Avaliação ASYCUDA, identificando o valor a pagar. Nessa altura o leitor ou o seu despachante poderão escolher pagar:
- Através de Cartão de Débito ou de Crédito: Algumas localizações aduaneiras aceitam pagamentos eletrónicos. O seu banco poderá cobrar-lhe uma taxa por utilizar este serviço.
- Visitando o Banco: O leitor ou o seu despachante podem pagar em qualquer agência do Banco BNU. Terá de apresentar o aviso de avaliação, o qual inclui os detalhes bancários das Alfândegas, após o que o banco emitirá um recibo de pagamento. O leitor ou o seu despachante deverão então levar este recibo junto das Alfândegas para estas confirmarem o pagamento no sistema ASYCUDA.
- Qualquer destes processos permitirá aos caixas das Alfândegas atualizar o sistema ASYCUDA de modo a confirmar que o pagamento foi efetuado.